No Visual Studio, podem ser criados dois tipos de projetos ASP.NET: Web Application e Web Site. Segue abaixo uma lista com as principais características e diferenças entre esses dois tipos de projetos:

Projetos Web Application

  • É possível estabelecer dependências entre vários projetos web
  • Ao ser compilado, é gerado um único assembly, que então é colocado na pasta Bin da aplicação
  • Não é necessário colocar o código-fonte (arquivos com extensão .cs ou .vb) no servidor web
  • Aplicações que utilizam o ASP.NET MVC só podem ser criadas nesse tipo de projeto
  • Utiliza arquivos de projeto do Visual Studio (.csproj ou .vbproj), onde podem ser especificados os arquivos que fazem parte do projeto

 

Projetos Web Site

  • Permite utilizar código C# e Visual Basic no mesmo projeto
  • Permite atualizar somente os arquivos que foram alterados, sem necessidade de recompilar toda aplicação
  • O código-fonte (arquivos com extensão .cs ou .vb) deve estar presente no servidor web e será compilado dinamicamente quando for feita a primeira requisição. É possível pré-compilar o site, o que produzirá vários assemblies
  • Todos os arquivos presentes na estrutura de pastas são considerados como parte do Web Site

Referências
Web Application Projects versus Web Site Projects
Introduction to Web Application Projects